于敏的工资不低，但一家人的生活极其简朴，每月发工资时，妻子孙玉芹就从他180元的工资中分出100元，寄回天津老家。一家人为了省钱，连5分钱的公交车费都舍不得花，总要步行几站地。

1992年，于敏获得了台湾省一位爱国企业家设立的科学奖，奖金两万元。得知父亲获奖后，儿子于辛暗自欣喜，想着以后能吃上烤鸭了……然而，他还没来得及更多畅想，便听到父亲说：要把这笔钱捐出去。那段时间，于敏正为两件事发愁：一边是看到所里的科研人员为生计所困，人心不定、队伍难稳；另一边，国家核事业来到了最吃劲的关口，正需要一支坚定有力的队伍。因此，当这笔“巨款”到来时，他第一时间就想到捐出去，为中国核武器研究队伍“培养人、留住人”。

两年后，于敏再次获得香港求是科技基金会杰出科学家奖，奖金高达100万元人民币，这在当时简直是天文数字。那时九所正面临着人才流失的困境。“造原子弹的不如卖茶叶蛋的”这句顺口溜，恰恰折射着当时很多科研人员的生活困境和内心动摇。于敏再次作出决定：他要捐出这笔钱。

国务院原副总理方毅听闻邓稼先、于敏两家要把这笔钱全部捐出，着急地给于敏打电话：“千万不能捐，这笔奖金就是专门用来给你们改善生活的，这些年你们太辛苦了。”对于方毅的好意，于敏并未应允。后来方毅给九所打电话，让单位出面说服于敏。在领导的坚持下，最后于敏捐出了奖金40万元。

1995年3月，于敏和中国科学技术发展基金会签订协议，设立了“于敏数理科学奖”，用于奖励45周岁以下，数理科学领域内的优秀科学工作者。而于敏淡泊名利，舍小家为大家的精神，也一直激励着一代代后来者。