1955年8月5日，国务院全体会议第十七次会议通过《中国科学院研究生暂行条例》，不久，邹元爔率先在上海冶金所招收2名研究生。这些早期研究生一进研究所便立刻投入国家重点工程项目中。他们的研究生论文题目都来自“真刀真枪”的生产实践，及时为包钢和攀钢的高炉冶炼方案设计和生产流程制定提供了理论依据。

邹元爔对研究生有严格的要求。他说“什么叫大学生?大学生就是自己会学习”“什么叫研究生?就是自己会搞研究”，他特别强调研究生学习阶段的主动性和独立工作能力。

1982年实行学位制度后，他说“什么是合格的硕士论文？就是论文的内容必须是国内外没有人做过的”，即强调论文的原创性和新颖性；“什么是合格的博士论文？其论文内容应该在国际学术领域中某一方面是领先的，而且要有系统性”，即强调国际上对论文的评价。他说:“不是每个博士生研究都能拿到博士学位的。”他还希望学生自己能出论文题目。

在邹元燨看来，科研道德比学术水平更重要。他要求学生写论文时，一定要提到前人已经做过的工作。引用他人数据时一定要致谢，绝不能忘记别人的帮助。他最不能容忍的就是将别人的成果据为己有。他对专业领域中的国内外论文都很熟悉，一旦发现研究生抄袭他人的文章、便毫不客气地狠狠批评，甚至不让其毕业。

有学生回忆，邹元爔的中文和英文水平都相当高，研究生和同事写好的论文但凡经他一改，不仅学术水平有了提高，读起来味道也不一样了。邹元燨强调“论文就要精简得别人删不掉”，“要像捉虫子一样将错别字、病句、标点符号等错误捉出来”。但他对于这些文章一般都不肯署名。只有他亲自出过点子，或做过重大修改后，才同意把他的名字放在后面。