1978年，邹元爔被任命为中国科学院上海冶金研究所所长。

自20世纪60年代半导体在国际上兴起，冶金所的研究领域就开始向半导体拓展。邹元燨担任所长后，为进一步顺应世界科技发展潮流，领导全所科研方向顺利转向半导体和微电子，在国内外半导体和微电子学术界及产业界重新确立应有的地位，开展了一系列重要工作。

当时很多年轻的科技人员积极响应研究所的科研转向，纷纷到复旦大学、上海交通大学和上海科学技术大学等高校补习半导体物理知识。当时邹元燨已年逾半百，在学术界享有盛誉，但他仍然与年轻人一起去听复旦大学谢希德教授讲课，整理了足足60多本学习笔记。

此外，邹元燨还积极推进工艺设备和检测仪器的更新换代，积极开展半导体材料和微电子方面的国内外学术交流，主动邀请国外著名科学家访华并来所举办讲座。改革开放初期，国家外汇经费紧张，但为了尽快缩短上海冶金所和国际学术界的差距，邹元燨还是极力争取参加与半导体有关的国际学术会议。有几次学术会议，他实在争取不到经费，只能委托外国科学家在会场代为宣读论文。他还尽力为年轻科技人员争取出国深造的机会，他写的每封推荐信都详细介绍了年轻人的学历、工作经历、外语水平以及希望对方安排合适的工作，以利回国后发挥作用。

在带领上海冶金所顺利实现科研转向后，1983年12月，邹元爔因身体原因退居二线，担任名誉所长，他在一篇书面报告中写道：“从传统冶金转向大冶金并不容易，我花了5年时间，现在总算改过来了。今后冶金和电子学将长期共存和有机结合，逐步形成电子冶金学。”

邹元爔就是这样的科学家，哪里有需要，他就往哪里攻坚，无论多不容易，无论要花多久时间。