从1977年起，饶钦止着手对藻类分类进行系统的整理和研究。1979年，在他年近八旬之际出版了藻类学巨著《中国鞘藻目专志》。这本专志是他50多年的资料和研究记录积累，后期工作几乎都是在医院病床上完成的。书中，他提出以植物体在性的分化上的特征为主要依据，建立此目藻类新的分类基础和分类系统。在分类部分，系统地记载了301种、81变种和33变型，其中有99新种、37新变种和11新变型。此外，还对前人记载过的种类中，改写了2种的种名，修改了6种的特征。该书在中国乃至世界藻类学上的地位举足轻重，获得1982年国家自然科学奖二等奖。