从1977年起，饶钦止着手对藻类分类进行比较系统的研究。虽然这时他已年近八旬，又常在病中，但他仍以高涨的热情和惊人的毅力，争分夺秒地投入了工作。主要是对他50多年积累的资料和研究记录进行整理，开始他构想多年的中国淡水藻志的撰写。1979年出版的《中国鞘藻目专志》，其后期工作几乎都是在医院病床上完成的。在这部60余万字的著作中，他提出以植物体在性的分化上的特征为主要依据，建立此目藻类新的分类基础和分类系统。在分类部分，系统地记载了中国产的鞘藻属和毛鞘藻属的种类301种、81变种和33变型，其中有９９新种、３７新变种和１１新变型。此外，还对前人记载过的种类中，改写了２种的种名，修改了６种的特征。这本书虽然只是他想要完成的中国淡水藻志宏伟计划的一部分，但在中国以及世界藻类学上都是一部十分重要的专著，成为我国藻类志编研的范本。国际上许多知名的藻类学家，包括他当年的美国导师泰勒等，都认为此专志是藻类文献中的重要著作，给予了高度的评价。1982年，《中国鞘藻目专志》获得国家自然科学奖二等奖。

1984年，又由他主编完成了《中国淡水藻志·第一卷：双星藻科》一书的编写。