饶钦止1935年获得美国密执安大学博士学位，他父亲来信说：“博士之名固好，博士之实更要，若徒有博士虚名，于国于己何补？”他于1936年回到祖国，放弃了某大学的教授之聘，而到中央研究院动植物研究所当副研究员，因为他出国前允诺了中央研究院总干事丁文江先生。1937年，抗日战争爆发，他带着一架显微镜随同动植物研究所由南京迁往湖南长沙，后到衡山，又迁到广西阳朔，1939年初到达四川重庆北碚。这一时期，尽管颠沛流离，生活艰苦，饶钦止仍然坚持藻类研究工作，采集标本发现1新属、52新种。一直到新中国成立初期这段时间，他完成了16篇论文，新命名藻类82种，成为国内外知名的藻类学家。