20世纪80年代，马世骏研究的焦点集中在农村、乡镇。1983 年中央有关文件指出：“要把合理利用自然资源、保护良好的生态环境作为发展农业生产的前提条件。我们的目标是根据我国社会主义的农村特点，采用多类型、多途径发展生产，提高商品率，活跃市场经济。……因此，要求我们在制定农村建设规划时，要把生态（环境）效益、经济效益一致起来，发挥生态效益和经济效益相辅相成的作用。”马世骏对中央指示精神有着深刻的理解，他考虑的重点是，如何把党中央的精神，变得更加通俗易懂，便于实践，落到实处。

他在农业部召开的会议上提出：“我们的农业既不能走经济发达国家大量投入的高能耗道路，也不允许我们长期保持小农经济的经营方式，这说明我国的农业正处在探索农业稳定协调发展的过程，就其涉及的因素及性质而言，是一个社会- 经济- 资源- 人口相互作用的复杂体系，这四类组分的协调程度直接关系着农业的发展；反之，不可避免地加深农业生态环境的恶化”。为此，马世骏提出：“运用生态学原则建设农村，实现农村建设生态化”。

他运用生态学的理论，深入浅出地指出：“农村是以农业经营为主题的社会-经济- 自然复合生态系统，它包含着三个亚系统，即：1. 生产系统；2. 加工系统；3. 运销系统。它既是人民食、衣、原料生产基地，亦是农业产品加工亦是商品的生产基地。”“它依赖于自然资源的供给，但有受自然生态条件的约束，三者既相互依存，又相互制约与依赖，构成一有机整体。”为了实现“农村建设生态化”这一目标，他大力推动建设“生态县”“生态村”。

1987年9月，他率领专家组参加位于青海省海北州的“高寒草甸生态系统定位站的开放论证会”时，曾与时任青海省省长宋瑞祥、副省长尕布龙（分管农牧业）、副省长班玛旦增（分管文教卫生）等领导会面，马世骏向他们介绍了中科院在全国有代表性地区建设生态系统定位站，并进行长期定位观察的重要意义。在谈话过程中，马世骏特别强调了青海省的独特地理位置，提到保护三江源头的重要战略意义，他特别提到全国正在兴起建设“生态乡”“生态县”的有关情况，宋瑞祥省长对此特别感兴趣，提出是否可以将青海省建成“生态省”，他的这一建议得到马世骏的赞许和支持。