1951年，中国植物学会向中国科学院提出，在国内分区建立若干个植物园和植物学研究机构。1956年9月，中国科学院批准成立武汉植物园筹备委员会。

时任武汉大学生命科学学院教授的孙祥钟，被任命为筹备委员会副主任委员。从此，他致力于武汉植物园的创建工作，经常在武汉大学和磨山之间来回奔波。1958年，中国科学院武汉植物园正式成立，孙老是武汉植物园的奠基者之一。

武汉植物园成立以后，经历了数次隶属关系及名称的变更，直到1978年，定名为中国科学院武汉植物研究所。

1980年，已经72岁的孙祥钟老先生被委派担任武汉植物研究所首任所长。

也就在这一年，中美植物学家联合进行鄂西植物科学考察，孙祥钟任中方队长，考察了湖北西部的神农架林区和利川县水杉分布区。

这是建国以来中美植物学家首次进行的植物学联合考察活动，因此备受世人关注。

在野外，孙祥钟始终和队员们一起生活，随时随地帮助解决问题。他还和队员们一起野餐吃干粮、炸花生、牛肉干，大家都亲切地称呼他“孙老”。

孙老就是这样一个和蔼又耐心的老先生。

1980年那次中美联合野外考察结束后，孙祥钟提交了“建立神农架自然保护区”的报告，极大地推动了神农架保护区的建立。

此外，他还和和美国专家共同发表了冬青科植物新种——神农架冬青。

1983年，他主持创办的学术刊物《武汉植物学研究》正式发刊，这就是武汉植物园今天的学术期刊《植物科学学报》的前身。

他主持编写的《中国植物志》第八卷，是我国第一部水生植物学专著，达到国际先进水平。

而早在六七十年代，孙老确立的水生植物研究方向，至今仍然是武汉植物园的主要研究方向之一。

孙祥钟教书育人，十分重视植物学人才的培养，如今他的学生中，有的已经是科研、教学单位的领军人物。直到晚年，他依然宽严相济、孜孜不倦地指导学生。

孙老的一生，是潜心钻研、为科学奉献的一生，也是甘为人梯、传道授业解惑的一生。他严谨治学、追求真理、豁达乐观、勇挑重担的精神，也正在被继承和发扬！